Com o intuito de uniformizar a terminologia respeitante aos sistemas aquíferos como primeiro passo para a definição de redes de monitorização e para a gestão sustentável dos recursos hídricos subterrâneos, o INAG iniciou em 1994 um processo de sistematização e actualização da informação sobre os principais sistemas aquíferos de Portugal continental. Este projecto, intitulado “Definição, Caracterização e Cartografia dos Sistemas Aquíferos de Portugal Continental“ protocolado com a Faculdade de Ciências de Lisboa foi concluído em 1997.
Com base nos resultados do projecto de mapeamento foi possível lançar os princípios metodológicos de estruturação das redes de monitorização de quantidade e qualidade a nível nacional para os diferentes meios hidrogeológicos, exemplificados inicialmente para os sistemas aquíferos do Alentejo (Redes de Monitorização de Águas Subterrâneas no Alentejo) e posteriormente generalizados à Bacia do Tejo-Sado e Região Oeste (Restruturação das Redes de Monitorização de Águas Subterrâneas na Bacia do Tejo-Sado, Redes de Monitorização de Águas Subterrâneas na Região Oeste).
O desenvolvimento dos estudos de monitorização, conjugados com os estudos de apoio aos Planos de Bacia e ao Plano Nacional da Água, conduziram a uma actualização do mapeamento que agora se apresenta.